De oudste ramen van de St.-Willibrorduskerk bevinden zich in de absis. Het middelste raam toont een afbeelding van Christus Koning. Met zijn rechterhand maakt hij een spreekgebaar, in zijn linkerhand heeft hij een boek. waarop de woorden “Dominus lucem dat” (de Heer geeft licht).
Onder zijn voeten staat ” Terra ” (aarde). In de ramen links en rechts van Christus zijn apostelen met hun attributen afgebeeld. Daarboven zijn
bloemen voorgesteld. die in deze streek groeien, zoals hyacinten en tulpen.
Ook elders in de kerk ziet men voorstellingen van dergelijke bloemen. Deze absis-ramen zijn afgezien van de twee uiterste ramen gemaakt door Otto Mengelberg. zoals vermeld staat in het eerder genoemde citaat van J. Kalf.
Rechts van de absis is een raam geheel aan de Heilige Familie gewijd. Op het middelste raam is Christus als jongen afgebeeld met een kruis op zijn schouder. Links van hem is Maria voorgesteld en rechts van hem Jozef. Hieronder staat: “Atelier van glasschilderkunst in Utrecht. O. Mengel-berg en H.A.M. de Vos”. Aan dit atelier en met name aan deze twee kunstenaars moet men hoogstwaarschijnlijk het merendeel van de ramen van de St.-Willibrorduskerk toeschrijven.
Aan de andere zijde van de absis ziet men een raam. waarop St.-Willibrordus is afgebeeld.
Hij spreekt tot de heidenen, terwijl links van hem reeds bekeerde mensen bidden tot God. Het kerkje onderin het raam stelt het Groene Kerkje te
Oegstgeest voor. Willibrordus is van oudsher patroon van Oegstgeest geweest en het allereerste Groene Kerkje zou tijdens zijn leven gebouwd zijn.
Op verschillende ramen staat vermeld wie de schenker ervan is. Voorbeelden hiervan zijn de schapenkwekers (deze fokten ook een schaap per jaar voor de kerk) en de bloembollenkwekers. Een ander voorbeeld is de Congregatie van de Heilige Familie. die het raam van de Heilige Familie heeft geschonken.
De ramen in de zijbeuken stellen de zeven sacramenten voor. Daarboven zijn musicerende engelen afgebeeld en helemaal bovenin zijn ronde ramen, die het scheppingsverhaal weergeven. De zeven sacramenten zijn eveneens in de huidige Mariakapel afgebeeld. Dat deze kapel vroeger Heilig-Hartkapel moet zijn geweest is nog steeds te zien aan de voorstelling op het raam: Christus” verschijning aan Margaretha Maria Alacoque, terwijl hij zijn brandend hart aan haar toont.
Uit brieven, meestal gericht aan pastoor Tholenaar, blijkt dat de overige ramen afkomstig zijn uit het “Atelier voor glasschilderkunst F. Nicolas
en Zonen ” uit Roermond. De ramen uit de doopkapel zijn afkomstig uit dit atelier en worden genoemd in een brief van Nicolas uit 1927.
Voorstellingen die in deze brief genoemd worden zijn: de uitzending der apostelen, vervolgens de doop van Christus, de doop van de Ethiopische
hofbeambte en de ark van Noach. Ook de vier engelen met wierookva-ten bovenin de absis en een aantal vrouwelijke heiligen in de linker transept-arm komen van dit atelier. De bovengenoemde brieven zijn vaak ondertekend door de atelierchef Weiss. Behalve de ramen in de
doopkapel, zijn deze “nieuwere ramen” uit 1935/36.
lets afwijkend van stijl zijn de ramen in de rechter transeptarm. Uit brieven is het duidelijk geworden aan wie deze ramen zijn toe te schrijven. Het is zeer aannemelijk dat deze ramen, die mannelijke heiligen voorstellen, ontworpen zijn door Joep Nicolas. In een brief aan
pastoor Tholenaar stemt hij toe de ramen van Bavo en Jeroen te zullen maken. Ook verwijst hij in deze brief naar de reeds door hem vervaardigde
Willibrord en Bonifatius. Uit andere brieven blijkt dat ook de ramen van Leonard van Veghel en Nicolaus Pieck (twee van de heilige martelaren
van Gorkum ) door hem zijn gemaakt evenals de twee buitenste apostel-ramen in de absis. Voor het maken van deze twee laatste ramen vraagt hij
in een brief aan Tholenaar om foto’s of een schetsje van de al bestaande absisramen. Deze had hij nodig om zijn ornamenten voor de twee nieuwe
ramen aan te kunnen passen. Hoewel deze nieuwere ramen van Nicolas wel op de oude ramen lijken, zijn er toch verschillen in de gezichten en in
sommige decoraties te zien.
Ook schrijft Joep Nicolas over het “bovenlicht” bij de ingang, waarop de verschijning van O.L. Vrouw van Lourdes aan Bernadette is voorgesteld.
Rechts knielt Bernadette gekleed als non voor Maria neer. De heiligverklaring van Bernadette had in 1933 plaatsgevonden: niet lang daarna is dit raam voor
de St.-Willibrorduskerk gemaakt. Een uitvoerige correspondentie uit 1935 van Joep Nicolas met het kerkbestuur gaat over het raam van de harpspelende David, dat zich boven bij het kerkorgel bevindt. Het betreft een onenigheid van de
kunstenaar met het kerkbestuur over een eerder door hem vervaardigd raam van de harpspelende David, dat door een storm uit de muur op het
kerkplein was gewaaid. De schade was onherstelbaar en Nicolas bood aan op eigen kosten een nieuw exemplaar te maken. In een volgende
brief werd de kunstenaar echter verweten dat er slechts sprake was van een stormpje en dat door een fout van zijn kant het raam te klein en niet
goed bevestigd was. Het kerkbestuur stond erop dat Nicolas behalve het nieuwe raam ook de plaatsingskosten zou betalen. In totaal zijn minstens vijf brieven bewaard over dit geschil, dat waarschijnlijk door een ontmoeting met de kunstenaar tot een oplossing is gebracht.
Wel blijkt uit al deze brieven dat Joep Nicolas meerdere ramen voor de St.-Willibrorduskerk heeft gemaakt. Vergeleken bij de ramen uit de periode 1905/06 zijn de ramen uit de periode 1927 tot 1935 donkerder met meer gebruik van blauw. In de oudere ramen zijn de gezichten vaak lichtgrijs van kleur en is veel geel gebruikt. De oude ramen in de absis enerzijds en de ramen in het rechter transept anderzijds verschillen het
meest in stijl.